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如果苹果手机上的短信已经被永久删除，恢复起来可能会比较困难，但并非完全不可能。以下是一些可以尝试的方法，以提高恢复已删除短信的机会。
1、使用iCloud备份恢复：
如果在删除短信之前已经备份了iPhone到iCloud，那么可以从备份中恢复已删除的短信，请在iPhone上依次点击“设置” > “通用” > “还原” > “从iCloud备份恢复”。
这将会覆盖当前的数据，所以在操作之前请确保备份是最新的并且包含了你需要的数据。
2、使用iTunes备份恢复：
如果你使用iTunes备份了iPhone，可以通过iTunes恢复备份来找回已删除的短信，连接iPhone到电脑，打开iTunes，然后选择“恢复备份”。
同样地，请确保备份是最新的并且包含了你需要的数据，因为这也会覆盖当前的数据。
3、使用第三方数据恢复软件：
市面上有一些第三方数据恢复软件，如EaseUS MobiSaver等，这些软件可能能够帮助你找回已删除的短信，但使用这些软件时请小心，因为可能存在风险，并且效果不一定理想。
4、直接从SIM卡恢复（如果适用）：
如果删除的短信存储在SIM卡上，可以尝试将SIM卡插入另一部手机，然后从SIM卡中导出短信。
5、寻求专业帮助：
如果以上方法均无效，可以考虑寻求专业的数据恢复服务，这些服务通常由专业的技术团队提供，可能对深度恢复数据有更有效的方法。
无论使用哪种方法，都存在一定的风险，如果不确定如何操作，建议寻求专业人士的帮助，为了避免数据丢失，建议定期备份iPhone。